潰瘍性大腸炎の最も深刻で急性の合併症は中毒性巨大結腸です。中毒性巨大結腸は大腸が麻痺したり、腸の動きやガスが通るのを妨害するときに起こります。腹痛や腫れ、熱や衰弱などの症状を起こします。見当識障害になったり意識が朦朧とします。中毒性巨大結腸が未治療のままだと大腸が破裂したり、腹膜炎になったり、命を脅かすような緊急手術が必要な病気にかかったりします。
潰瘍性大腸炎の他に起こりうる合併症は以下の通りです。
潰瘍性大腸炎とクローン病は大腸がんの危険性を高めます。このリスクにも関わらず、炎症性大腸炎の90％の人はガンになりません。しかし、炎症性大腸炎を8～10年続き、大腸全体に広がっている時はリスクが最も高まります。大腸の一部のみに障害が出ている場合は、リスクはあまり高くありません。
潰瘍性大腸炎を8～10年持っていて、直腸以外に病気が広がっている場合には、1年に1回は大腸内視鏡検査を受けて大腸がんの初期症状がないかどうか調べた方が良いでしょう。
潰瘍性大腸炎を発症しているなら、妊娠する前、もしくは父親となる前に医者に相談するべきです。炎症性大腸炎を治療する投薬治療が出生異常を起こしたり、子どもに母乳を通して病気が感染する可能性があります。活動的な潰瘍性大腸炎は胎児死亡や早期陣痛のリスクを増大します。すでに妊娠しているなら、潰瘍性大腸炎と妊娠を診察した経験のある医者に治療を受けるべきです。