副鼻腔の粘膜の炎症や副鼻腔の詰まりが、慢性副鼻腔炎を引き起こすことが一般的です。
副鼻腔に不快症状をもたらす一般的な原因は、アレルギー、ウィルス、バクテリア感染、鼻ポリープなどです。
花粉、ペットのふけやイエダニなどアレルギー反応を起こす原因となる物は、体からの攻撃反応も引き起こします。この反応は風邪の症状によく似ていて、鼻づまり、目の痒み、咳などの症状がありますが、その際に副鼻腔炎も引き起こされます。
風邪が原因となることが多い気道の感染によって、副鼻腔の粘膜は炎症を起こして分厚くなり、粘液の排出を妨げて、バクテリアの繁殖に好都合な状況を作ります。気道感染はウィルス、バクテリア、自然の菌が原因で起こります。
鼻ポリープは副鼻腔の通路を詰まらせる小さな突起物です。副鼻腔の閉塞は隔膜（鼻孔の間の壁）や副鼻腔と鼻の穴の間の小さな開口部が逸れて曲がっているなど、身体構造上の問題によって引き起こされます。
嚢胞性線維症の合併症、エイズ、他の免疫不全症は鼻の閉塞を引き起こします。例えば、嚢胞性線維症では体からの分泌物が、肺の中と同じように副鼻腔の中で分厚く粘りっぽくなります。
顔の骨が砕かれたり骨折したりすると、副鼻腔の通路を塞ぐことがあります。
慢性副鼻腔炎は鼻孔内に存在するカビのアレルギー反応によって引き起こされるという説もあります。
慢性副鼻腔炎の原因が、空中真菌の特定の種類の炎症反応であるとする説もあります。この真菌は誰もが持っています。しかし、慢性副鼻腔炎に苦しんでいる人はサイトカイン、または少しずつ上昇した好酸球を副鼻腔の中に作りながらカビに反応します。サイトカインは、炎症や他の免疫反応を引き起こしたり抑えたりする物質です。好酸球とは副鼻腔の中で炎症を引き起こす白血球の一種です。この反応は慢性副鼻腔炎を引き起こす原因となることがあります。