単純ヘルペスウィルスに感染している人は症状が現われないため、感染していることに気付かない人が大半です。単純ヘルペスウィルスの症状は軽いため、気付かないまま過ごしてしまいます。通常は、最初に発症した時が一番悪い状態です。再発を経験しない人もいますが、最長で40年間程度再発を繰り返す人もいます。
性器ヘルペスの症状は以下のことを含みます。
生殖器、肛門、その周辺に小さな赤い腫れ、水膨れ、皮膚潰瘍ができます。
生殖器周辺、臀部、太ももの内側などの痛み、痒みが起こります。
通常、性器ヘルペスの最初の症状は、感染している性交渉の相手から感染した数週間後に痛みか痒みで始まります。その数日後、小さな赤い腫れが現われます。それが破裂すると、潰瘍となって滲み出たり、出血したりします。その後、徐々にかさぶたができて潰瘍が癒えます。
女性では、痛みが膣周辺・生殖器・臀部・肛門部・頸部に発症します。男性では、ペニス、陰嚢、臀部、肛門部、大腿部、生殖器の内側、膀胱とペニスの通路に痛みが現われます。
潰瘍があるうちは排尿する際に痛みを伴います。感染が消えるまで性器周辺に痛みや圧痛（触ると痛い）が起こるかもしれません。最初に性器ヘルペスが発症した時に、頭痛、筋肉痛、熱発、性器のリンパ節の腫れなどのような風邪に似た症状が現われるかもしれません。
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