バルトリン腺嚢腫の治療は嚢腫の大きさ、不快感の程度、感染の有無、膿瘍に進行しているかどうかによって異なります。以下が、医師が薦める治療法です。
シッツバス（腰湯座浴）バスタブに腰の高さ程の温水をいれて入浴します。１日数回のシッツバスを3、4日行うことによって、小さな嚢腫は自然と小さくなります。
切開、ドレナージ（排液）感染していたり大きくなってしまった嚢腫の場合、一般的には医師による切開・ドレナージ（排液）が必要となります。切開は部分麻酔の下で医師によって行われますが、場合によっては鎮静下で行われることもあります。処置を行うために、医師は嚢腫に排液用の小さな切込みを入れます。そして、切り込みに小さなゴム製のチューブ（カテーテル）を挿入します。カテーテルは切り込みが閉じてしまわない様に、また完全に排液を行うために4から6週間挿入します。
抗生物質による治療嚢腫が感染している場合、また性交渉による感染が明らかとなった場合、感染を引きおこすバクテリアを駆除するために抗生物質による治療を行うことがあります。ただ、膿瘍のドレナージが適切に行われた場合は、抗生物質による治療は必要なくなる場合があります。
造袋術嚢腫が再発した場合、医師は造袋術と呼ばれる施術を行うことがあります。造袋術は再発防止に特に有効です。ドレナージと似た処置を行いますが、異なる点は切り込みの両側に5ミリ長程の開口部を作ることです。医師はカテーテルを挿入した後、再発を防止するために2、3日そのままにしておきます。クリニック・診療所など小規模な医療機関でも施術は可能ですが、嚢腫の大きさや合併症の状態などによっては、病院など中規模以上の医療機関の手術室にて鎮痛下で行われる場合もあります。
嚢腫が感染している場合には、造袋術を行うべきではありません。医師はまず膿瘍を排液し、感染を取り除いた後に造袋術を行います。
再発が収まらず、上記の治療法に効果が見られなかった場合は、医師はバルトリン腺の摘出を薦める事があります。ただ、それほど多く起こるケースではありません。摘出手術は病院など中規模以上の医療機関の手術室にて鎮痛下で行われます。
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